Analisis Diskriminasi :

Rumusan-rumusan pasal dalam PBM multitafsir, sehingga melahirkan penerapan yang berbeda beda di setiap daerah contohnya di aceh lahir Peraturan Gubernur No. 25 Tahun 2007 tentang Pedoman Pendirian Rumah Ibadah. peraturan ini berisi syarat-syarat yang lebih berat disbanding PBM. Jika PBM mensyaratkan 60 peserta dari luar jemaat, maka Pergub mensyaratkan 150 jemaat. Di Provinsi Bali, kategori rumah ibadah yang diatur dalam PBM diperluas menjadi semua jenis rumah

Bertentangan dengan Peraturan Perundang-undangan 
Bahwa pengaturan ini berpeluang menghambat pelaksanaan ibadah kelompok minoritas agama yang dijamin pelaksanaanya sesuai Pasal 29 ayat (2) UUD NRI 1945, pasal 28E ayat (1) dan (2) UUD NRI 1945

Lokus Diskriminasi :

Pasal 13,14, 17, 18,19 
Pasal 14 (1) Pendirian Tempat Ibadah harus memenuhi persyaratan administratif dan persyaratan teknis bangunan gedung.
(2) Selain memenuhi persyaratan sebagaimana dimaksud pada
ayat (1) pendirian Tempat Ibadah harus memenuhi persyaratan khusus meliputi: a. daftar nama dan kartu tanda Penduduk pengguna rumah ibadat paling sedikit 90 (sembilan puluh) orang yang disahkan oleh pejabat setempat sesuai dengan tingkat batas wilayah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 13 Ayat (3); b. dukungan masyarakat setempat paling sedikit 60 (enam puluh) orang yang disahkan oleh lurah/kepala desa; c. rekomendasi tertulis kepala kantor departemen agama kabupaten/kota; dan d. rekomendasi tertulis FKUB kabupaten/kota.